Die Naturkundlichen Sammlungen des Jura-Museums Eichstätt waren ursprünglich Lehr- und Forschungssammlungen des Eichstätter Priesterseminars für die naturwissenschaftliche Ausbildung der Theologiestudenten. Sie umfassen Minerale und Gesteine, ein Herbarium, historisches Lehrmaterial und anatomische Modelle, zoologische und entomologische Sammlungen sowie zahlreiche Fossilien, darunter die weltweit umfangreichste Sammlung von Fossilien der „Solnhofener Plattenkalke“.

Die besonderen Stärken der Plattenkalksammlung liegen nicht nur im
Besitz eines Archaeopteryx-Exemplars, eines jurassischen Raubdinosauriers oder einer Reihe hervorragend erhaltener Flugsaurier, sondern auch in ihren ungewöhnlich zahlreichen fossilen Tintenfischen und Fischen.

Das Jura-Museum Eichstätt erweitert die Sammlungen aktiv durch gelegentliche Ankäufe und vor allem durch Forschungsgrabung wie Schamhaupten (1988-1998) und Ettling (seit 2007). Die Plattenkalk-Fossilien sind Objekte zahlloser Forschungsvorhaben. Internationale Spezialisten und Expertinnen arbeiten regelmäßig in den Eichstätter Sammlungen und werden vom Museumspersonal betreut.